РККА насадила на крепкий хуец.

3 июня поверенный в делах СССР в Литве В. Семёнов пишет обзорную записку о положении в Литве, в которой советское полпредство обращало внимание Москвы на стремление правительства Литвы «предаться в руки Германии», и на активизацию «деятельности германской пятой колонны и вооружение членов союза стрелков», подготовку к мобилизации. В ней говорится о «подлинных намерениях литовских правящих кругов», которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят «свою линию против договора, перейдя к „деловому“ сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам.»[24]

4 июня под видом учений войска Ленинградского, Калининского и Белорусского Особого военных округов были подняты по тревоге и начали выдвижение к границам прибалтийских государств.[35]
14 июня советское правительство предъявило ультиматум Литве[36], а 16 июня — Латвии[37] и Эстонии[38]. В основных чертах смысл ультиматумов совпадал — правительства этих государств обвинялись в грубом нарушении условий заключенных ранее с СССР Договоров о взаимопомощи, и выдвигалось требование сформировать правительства, способные обеспечить выполнение этих договоров, а также допустить на территорию этих стран дополнительные контингенты войск. Условия были приняты[24].
15 июня дополнительные контингенты советских войск были введены в Литву, а 17 июня — в Эстонию и Латвию.
Литовский президент А. Сметона настаивал на организации сопротивления советским войскам, однако, получив отказ большей части правительства, бежал в Германию[39], а его латвийский и эстонский коллеги — К. Улманис и К. Пятс — пошли на сотрудничество с новой властью (оба вскоре репрессирован­ы[40]), как и литовский премьер А. Меркис. Во всех трёх странах были сформированы дружественные СССР, но не коммунистические правительства во главе, соответственно, с Ю. Палецкисом (Литва[41]), И. Варесом (Эстония[42]) и А. Кирхенштейном (Латвия[43]).